一般的な魚醤油の製造法は基本的には輸入品も国産品も同じです。 新鮮な魚介類に重量比２０〜３０％の塩をまぶしながら容器に潰け込み、６か月から２年間熟成させ、ろ過、火入れ処理後製品とします。
魚自身の持つ消化酵素（プロテアーゼ）や熟成中に繁殖した微生物が産生する酵素の作用により、魚介類のたんぱく質が徐々に分解され、アミノ酸などが生成され濃厚なうま味を有する調味料となります。食塩は熟成中の腐敗を防止し、製品の保存性を高めます。
最近では、酵素製剤、麹（こうじ）や酵母エキスを使うなど発酵期間をいかに縮めるか、独特の臭いをいかに消すか、塩分濃度をいかに下げるか、魚種をどれにするかなど、製品開発に知恵を絞っている企業もあるようです。